卑劣な嘘に騙され、許婚の父を殺めてしまった雷蔵。 口封じのためにかつての仲間から襲われ、自らも絶体絶命の危機に陥ったところを、「よろず利便事（りべんごと）引受け」の何でも屋の幽烟らに救われる。 彼らから真実を明かされ、亡き義父の思いを遂げると伝えられた雷蔵は、自分を陥れた相手への復讐を果たすために動き出すのだった…。

碓水幽烟一味と共に、許嫁の父の仇である松峰らを討った雷蔵は、自らの死により許嫁のゆいへの罪を償おうとする。 しかし、ゆいの自死によって償う術を失うことになった。 忠義を捧げた藩も、守ると誓った家族も失い、全てをなくして失意に暮れる雷蔵に幽烟は、とある提案をもちかける。 それは復讐を代行する殺し屋「利便事屋」への誘いだった。雷蔵は金で人を斬る「利便事屋」という生業に強く反発するが…。

絶望の淵から意図せぬ形で新たな居場所を見つけた雷蔵。 だが、そんな彼を迎え入れる利便事屋の仲間は、ひと癖もふた癖もある者ばかりだった。 中でも雷蔵と一緒に暮らすことになった惣二は不満の表情を隠そうとしない。 そんな折、彼らのもとに次なる利便事の依頼が届く。 これを好機と捉えた惣二は雷蔵にとある勝負をもちかける。

部屋をめぐる雷蔵と惣二の賭けは引き分けで決着し、ふたりは相部屋で共同生活を送ることになる。 だが、ふたりの性格は対照的で、惣二は早くも雷蔵の度を越えた生真面目さに辟易していた。 日がな一日正座する雷蔵に耐えかねた惣二は、彼に職をあてがおうとする。 一方その頃、幽烟は利便事屋の総元締め「礼拝堂」に呼び出されていた。 雷蔵と惣二が始末した長崎奉行所の坂田に協力者がいたことを知らされた幽烟は、新たな標的への利便事に向け、仲間と共に行動を開始する――。

標的を監視するさなかに何気なく描いていた墨絵を、絵双紙屋の店主に絶賛された雷蔵。 さらに店主から、その絵を版元へ紹介したいともちかけられる。 剣を振ること以外、何も知らなかった雷蔵は、期せずして新たな生業の糸口を掴んだのだった。 そんなとき、雷蔵と惣二は同じ町屋に住む少女・はなから、友達である双子が行方不明になったと相談される。 彼女の頼みを受け、双子の行方を捜し始めた二人は、大道芸人一座を率いる堂庵という人間へと行き当たった。 その男は、鳰の因縁の相手だった…。

絵双紙屋での一件以来、利便事屋稼業の傍らで墨絵を描き続けていた雷蔵。 描きためた習作を携え再び絵双紙屋を訪れた彼は、店主から賞賛の言葉と仕事の依頼、そして画材をもらい受ける。 思いがけない評価に戸惑いながらも、雷蔵は少しずつ、侍としてではない新たな生き方を見出し始めた。 だが、そんな矢先の帰り道、彼は何者かに襲撃される――。 同じ頃、幽烟は漁澤から、唐人街が松峰を殺した人間を捜していると知らされていた。 唐人街に松峰の共謀者がいると睨んだ漁澤は、幽烟に調査を依頼する。

松峰の買い付けた途方もない量の阿片が、長崎のどこかに隠されている――。 唐人街での一件でその事実を知ってからというもの、雷蔵の様子は一変し、義父と許婚を失った直後のような状態に戻ってしまっていた。 だが、そんな彼の思いをよそに、長崎の街ではまた新たに、阿片にまつわる悲劇が生まれようとしていた。 舞台は法円寺という尼寺。そこは花街通いのできない僧侶に阿片漬けの陰間を斡旋する、尼寺とは名ばかりの色と欲にまみれた場所だった…。

松峰が残した阿片の行方を追う雷蔵と、そんな雷蔵の行く手を阻むように現れる唐人街の劉。 そして、裏から利便事屋へ干渉しようと企てる長崎会所の宍戸と、彼に睨みを利かせる漁澤…。 長崎のどこかに隠されているという大量の阿片をめぐり、さまざまな人間の思惑が複雑に絡み合っていた。 事態が混迷を極めるなか、雷蔵は「碓心」の雅号で、墨絵師として初めて依頼の品を完成させる。 それは自らが死に追いやったゆいを描いたものだった。 雷蔵の作品を見た幽烟は、彼に、これまでの名と過去を捨て墨絵師・碓心として生きていく道を示す――。

劉への利便事を命じる礼拝堂の動向を不審に思い、唐人街で彼の素性を調査することにした雷蔵たち。だがその最中、宍戸が差し向けた利便事屋・貞一派によって劉が狙撃されてしまった。劉の言動から彼が敵ではないことを察した雷蔵は、目の前で起きた突然の出来事に戸惑いつつも、礼拝堂の依頼に背いて彼を守ることを選択。瀕死の劉を救い出す。 その後、徹破の処置が功を奏し、なんとか意識を取り戻した劉は、自らが阿片を追う理由を静かに語り始めるのだった――。

劉の正体は、アンゲリアが日本に退避させた阿片を追い、清国から派遣された密偵だった。彼の死の直前に恨噛み小判を託された雷蔵は、改めて阿片一掃への決意を強固にする。 だが一方で、その阿片を手中に収める宍戸もまた、長崎の利便事屋を統括する礼拝堂に接触し、事態はますます混沌とした様相を呈するのだった…。 そんな中、宍戸が唐人街襲撃の黒幕であると確信した幽烟は、劉への利便事を命じた真意を質しに、一人礼拝堂へと赴く