軍警にも望まれる剣客ながら、誰とも組まず一人で要人護衛の任にあたる孤高の無頼人、福沢諭吉。この日、彼は自己嫌悪に陥っていた。依頼人の会社社長が暗殺されてしまったのだ。現場では、すでに犯人が捕らえられていたが、福沢はその状況に違和感を覚える。そこに、事務見習いの面接を受ける予定だったという学生帽の少年がやって来て……。少年の名は、江戸川乱歩。「両親を亡くし、行くあてもない」と身上を聞かされた福沢は、仕方なく彼を同伴し、とある演劇場へ向かう。

乱歩とともに、演劇場の警護にあたる福沢。自分の前職を見抜いた乱歩の類まれなる推理力を認めるとともに、思ったことをはばかり無く口にしてしまう幼さに業を煮やした福沢は、彼の「異能力」が自在にコントロールできる道具だと嘘をつき、ありふれた眼鏡を与える。「僕にはもう見えているんだよ。敵の狙いも計画も全部」。だが、事件は第二幕で起きる。何の凶器もない舞台上で、主役の胸から鮮血が吹き出したのだ――！

「天使」による殺人かと思われた演劇場の事件も解決し、あらためて乱歩の慧眼を讃える福沢。だが、乱歩は自分が「異能力者」だと言われたことを真に受け、すっかり調子づいていた。そして、事情調査に向かうべく一人で巡査の車に乗り込むのだが……。届いた凶報に、福沢は思い出す。乱歩が、もっと大きな事件を暴き出すつもりだと話していたことを――。誘拐されてしまう乱歩。福沢は、犯罪組織の情報を得るため、とある人物を尋ねる。

フョードルの仕掛けた罠により、少女爆殺の罪に問われる国木田。それを見破れなかった乱歩もまた悔恨をつのらせ、冤罪を晴らすことを誓う。そして、プシュキンから得た証言と写真を手がかりに、証拠隠滅の専門家である「隠滅屋」があらわれるという展望台へ向かうのだった。とある取り引きのため、たまたま同じ場所に居合わせたポオを無理やり引き入れ、身を潜ませる２人。だが、待ちくたびれた彼らが目にしたのは、写真の男が地上へと転落していく瞬間だった……。

完全犯罪に酔いしれる小栗虫太郎。だがそこへ、あきらめて帰ろうとした乱歩がタクシー乗り場を尋ねてくるという珍事が起こる。さらには、フョードルの寄越した送迎車にまで乗り込んできて……!?　隣に座る人物が誰かも知らず、今の自分が抱えるいくつかの謎における推理を展開していく乱歩。やがて、探している「隠滅屋」と、ポオを始めとするミステリー愛好家たちを騒がせている「推理作家殺し」の犯人が同一人物であると言い出し……。

凶悪犯罪者プシュキンとフョードルを捕らえたことで、武装探偵社は祓魔梓弓章を与えられることとなった。一民間企業としては類を見ない栄誉である。そこへ、政府より緊急要請が入る。同一犯による４件の連続殺害事件――。「天人五衰」という猟奇的な殺害方法に見出されたある共通点から、起こるであろうあと１件を未然に阻止すべく探偵社は立ち上がった。だが〝友人〟から警告を受けていた乱歩は、仕事を受けることに反対し……。

斗南司法次官を長とする秘密会議を襲撃した犯罪組織「天人五衰」。だが、ニコライの策略によって、国木田たちがそのテロリストであるように仕立てられてしまう。そして、別のルートから事件にあたっていた乱歩もまた種田長官襲撃犯として追われることとなるのだった。これは、ただの異能力による現実改変ではない。奪われた「白紙の本」の頁によって、自分たちの記憶までも書き換えられているのだ。動揺する探偵社に、福地桜痴率いる軍警最強の特殊部隊「猟犬」が襲いかかる――！

社長は逮捕され、逃亡中の国木田が自爆により生死不明。太宰もまた、ポートマフィア時代の罪が明るみとなり、収監されていた。これがフョードルの描くシナリオならば、敦と鏡花のたった２人で立ち向かえるわけもない――。絶望の中、それでも敦は顔を上げた。探偵社の無実を証明する鍵は、この顛末を警告していた虫太郎だ。彼を探し出すため、敦と鏡花は「神の目（アイズオブゴッド）」を持つフランシスのもとへ向かう。だが、そこにもすでに魔人の手が伸びていて……。

ポートマフィアが探偵社を救助する対価が「社員一人の移籍」であると聞き、森が自分を目的に提示したことを汲んだ与謝野は憤る。フランシスは、昏睡状態のマーガレットを治癒することを条件に「神の目（アイズオブゴッド）」の使用を許可するという。だが、彼は勝算のある方に与する男だ。罠の可能性もある中、与謝野は一人で取引場所へ向かった。彼女がポートマフィアを厭う理由――。その因縁の始まりは、大戦末期の戦場で「天使」と呼ばれた11歳の少女が見た地獄にあった。

フランシスは敵側についていた！　政府機動隊に包囲され、ポートマフィアの秘密通路へ逃げ込んだ探偵社。追撃者の中に猟犬が一人いることを察した与謝野は、谷崎と賢治にバラバラに逃げることを提案する。誰が生き残っても、探偵社再建に命を懸けることを約束して――。一人になった与謝野に迫る、雨合羽の男。そこを救ったのは、森から「自分の身に変えても探偵社を守れ」と命じられていた黒蜥蜴の３人だった。だが、地獄からよみがえった「亡霊」も現れ……。