一代で大国を築き、英雄王と称えられた老王イングリス。彼はその最期に「生まれ変わって、生涯を己の武のためだけに捧げる生き方をしてみたい」と女神アリスティアに願い、遥か未来の世界に転生を果たす。ただし、その性別は何故か女性になっていた!!気を取り直して赤ん坊の身で鍛錬を始めるが、そこに前世にはいなかった「魔石獣」と呼ばれる怪物が現れる。イングリスは襲い来る魔石獣を前に、規格外の力を存分に発揮する――!!

6歳のイングリスは、騎士になるために必要な魔印（ムーン）を授かる「洗礼」の儀式に臨む。しかし魔印（ムーン）の特性に気づき、敢えて無印者となる道を選ぶのだった。さらに時は経ち、美しく成長したイングリスは王都の視察団を歓待する宴で、天上人（ハイランダー）となったラーアルと再会。ラーアルは視察団の一人を処刑した上に、イングリスを屈服させようと自室に来るよう命じた。そして深夜、ラーアルのもとへと向かうイングリスの前にある人物が現れて……。

国を裏切り、反天上領のゲリラ組織「血鉄鎖旅団」に加わることを決めた聖騎士レオン。彼は天恵武姫(ハイラル・メナス）エリスを組織への手土産として連れて行こうと画策する。イングリスはレオンに挑みかかるが、ラーアルの屋敷の中から突如、巨大魔石獣が出現！状況は混迷を極めるなか、イングリスはラフィニアを守るべく魔石獣の排除に乗り出す。時は流れ、15歳になったイングリスとラフィニアは、騎士アカデミーに入学すべく王都へと旅立つ――。

執政官セイリーンの依頼を受け、幸運にも天恵武姫（ハイラル・メナス）システィアと戦うことになったイングリス。激しい攻防の末にシスティアは敗走し、事件は解決へと向かう。そんな中、セイリーンはノーヴァの街を天上領（ハイランド）へ接収するために設置された浮遊魔法陣の存在を明かす。自分の立場に悩むセイリーンを励ますラフィニアと、そんなラフィニアを肯定するイングリス。二人の言葉で元気を取り戻したセイリーンだが、彼女の身に変化が起き始めて――!?

氷漬けにされた最強の魔石獣「虹の王」が安置される街アールメンに立ち寄ったイングリスとラフィニアは、魔石獣と戦う大剣使いの少女レオーネと出会う。三人はすぐに意気投合するが、裏切り者の聖騎士レオンを兄に持つレオーネは、人々から冷遇されていた。そこに、ラフィニアの兄である聖騎士ラファエルと天恵武姫リップルが、ある任務のために現れる。その後、王都に辿り着いたイングリスたちは騎士アカデミーに入学を果たす。

王立騎士アカデミーの授業が始まった。機甲鳥演習で湖のドッグまで走って向かう中、ただ走るのも芸がないと、イングリスは自ら重力負荷をかけるなど訓練に余念がない。そんなある日、優秀者のみが選ばれる特別推薦テストに、イングリス、ラフィニア、レオーネ、リーゼロッテらが推挙される。テスト内容は「試練の迷宮」という特殊空間からの脱出。なんとそこは自らの記憶を辿ることを強制される幻覚の迷宮だった――。

無事に「試練の迷宮」をクリアし、絆を深めたイングリス、ラフィニア、レオーネ、リーゼロッテは、新たな天上領（ハイラインド）からの特使就任パーティーに参加することに。華やかなドレスと豪華な料理に胸を躍らせるイングリスだったが、突如獣人型魔石獣の群れが出現！周囲が混乱する中でもイングリスたちは魔石獣を着実に撃退していく。事態が終息した時、魔石獣出現の鍵を握るのは獣人種の天恵武姫リップルの存在であることが判明する――。

天恵武姫リップルを騎士アカデミーで預かることになり、ミリエラ校長は各学年から選抜した生徒を招集。イングリスたち一回生に加え、生徒で唯一特級印を持つシルヴァや実力者だがやる気のないユアなど、個性的な上級生が一堂に会する。現れた魔石獣を排除してリップルを護衛する日々が続く中、強者との戦いに飢えたイングリスはリップルに手合わせを申し出る。システィア以来の天恵武姫との戦いに心を躍らせるイングリスだが……!?

魔石獣を軽々と手刀で真っ二つにするユアの姿を見て、ぜひ手合わせしてもらわねばと意気込むイングリス。しかしユアはイングリスの頼みを容赦なく断り、難しい見返りを要求するなど、なかなか一筋縄ではいかなかい。一方、特使セオドアから治癒の力が付与された魔印武具を託されたラフィニアは、リップルを守る決意を新たにする。その時、再び魔石獣が大量発生。魔石獣は倒したものの、ラティをかばったシルヴァが負傷してしまう。

レオーネとリーゼロッテの前に現れたレオンと黒仮面の男。彼らは国王が天上領との関係改善のためにアールメンを街ごと献上するつもりだと明かす。さらに「血鉄鎖旅団」である自分達は、その調印式にやってくる天上領の使者を討つと宣言した。その話を聞いたイングリスは、国王と使者を守り血鉄鎖旅団の襲撃を阻止、同時にリップルの問題も解決するための二面作戦を提案。ラフィニアと共にメイドとして調印式に潜入することに――！

調印式は血鉄鎖旅団をおびき出そうとする天上人イーベルの罠だった。利用されたことを知った国王は、イーベル捕縛と血鉄鎖旅団の壊滅を命じる。イングリスはイーベルを遥か彼方へ蹴り飛ばし、飛び交う機甲鳥（フライギア）を踏み台にしてラフィニアと共に飛行戦艦までたどり着く。戦艦の上で対決するイングリスと黒仮面の男。そこにイーベルが舞い戻り戦況が三つ巴となった時、黒仮面の男は天恵武姫（システィア）を黄金の槍へと変えた――！

最強の魔石獣「虹の王（プリズマー）」が騎士アカデミーに召喚された。レオンを中心に攻撃を仕掛けるも、その傷はすぐに再生。さらにユアが虹の王（プリズマー）の体内に取り込まれてしまう。そんな中、シルヴァは天恵武姫リップルに「武器化して自分と共に戦って欲しい」と進言。リップルは拒否するが、シルヴァの熱意で強制的に武器化が始まってしまう。その時、虹の王（プリズマー）との戦いを心の底から楽しみにしていたイングリスが、遂に仲間たちのもとに帰還する――!!