異端児（ゼノス）の救出、好敵手（アステリオス）との戦闘を経て、Lv.4への昇格（ランクアップ）を果たした 【 ヘスティア・ファミリア 】 の冒険者、ベル・クラネル。それに伴い派閥のランクも上昇、ベル達はギルドから強制任務（ミッション）を課されることになる。その内容はダンジョン到達階数の更新──。異端児（ゼノス）との共存の道を模索するため、ベル達はより深く、ダンジョンの深淵へと挑んでいく……

ミアハ、タケミカヅチの派閥、そしてアイシャも伴い、派閥連合のパーティでダンジョンへ挑むこととなったベル達【ヘスティア・ファミリア】。ふたりのLv.4冒険者を擁するパーティは、順調に中層を突破し、中層と下層の分水嶺となる24階層で野営を張ることに。未踏の領域──下層への侵攻(アタック)準備も整え、ベルは、今回の遠征の先、未だ遠いダンジョン踏破の先を見据え、決意も新たに歩みを進めていく──

25階層での異常事態（イレギュラー）──強化種となり知性を有したモンスターに強襲され、千草は宿り木を撃ち込まれ、その身体を蝕まれてしまう。先だって強化種の被害にあったルヴィスの助言も得て、ベル達は地上への帰還よりも、強化種を討伐することで、千草を蝕む元凶を断つこと、そして強化種による更なる被害を未然に防ぐことを選択。だが、冒険者達が悩み抜いた末の行動すらも狡猾なモンスターには想定の範疇だった……

強化種との戦闘のさなか、パーティからはぐれてしまったベルは、滝壺の底でマーメイドの異端児（ゼノス）、マリィと出会う。彼女の生き血で全快したベルは、マリィに連れられ一時避難することに。一方で、ベル不在となってしまったリリ達だったが、強化種の被害にあった冒険者達とも合流・連携し、後退しつつ強化種を誘い出す戦術を執る。しかし、ここでも強化種はリリ達の思惑を超えた行動に……

怪物進呈（パス・パレード）に怪物の宴（モンスターパーティー）。おおよそモンスターにあるまじき戦術を使い、リリ達を追い詰める強化種だったが、春姫が起死回生の妖術【ココノエ】を放ち、形勢は逆転したかに見えた── しかし、強化種の狙いは、冒険者たちが集めた魔石。それらを喰らい、自らに更なる強化を施す……。アイシャまでも宿り木を喰らい絶体絶命の中、ルヴィスやドルムル達が自ら犠牲となることを提言する……

地上で、神々が昇格（ランクアップ）したベルやヴェルフのふたつ名を議論し、定めていた頃──無事、強化種を討ち果たしたベルと仲間達は、安全地帯（セーフティポイント）の１８階層で身体を癒やし、地上へ帰還するための準備を進めていた。 久々にベルとゆっくりした時間を過ごそうと、リリはベルを誘おうとするが……強化種相手に傷ついたルヴィスやドルムル、ダフネやカサンドラといった割り込みが次々と入り……

リュー・リオンが冒険者を殺害──耳を疑うような話を耳にしたベル達。有り得ないと確信に近い思いを抱く面々ではあるが、リヴィラの冒険者達は色めき立ち、リューの討伐隊を組織していく。リヴィラの冒険者達が発見する前にリューに接触し、真相を明らかにする──そのためにベル達は地上への帰還を先送りにし、リューの討伐隊に加わることに。だが、ただ一人、カサンドラだけは、ベル達が決めた方針に反対の意を示した……

リューの討伐隊は、下層で起きた異変を受け、２５階層での見張りと２７階層への捜索隊に分割されることに。それに伴ってベル達も、捜索隊に参加するベルと、リヴィラで騒ぎを扇動した冒険者タークを監視するグループに分かれて行動を始める。狙い通り、ターク達は不穏な動きを見せ始め、リリやアイシャは彼らを追う。一方でベルは２７階層に響く歌声を聞きつけ、独り捜索隊を離れ、歌声の主──マリィとの再接触を試みる。

過去の仇を追い詰める復讐鬼──そんなリューの姿を目の当たりにしたベル。しかし、それでもリューに冒険者殺害の真相を問いただし『やっていない』という言葉を引き出すに至る。すべてはジュラやタークがリューを貶め、殺害するために仕組んだ謀略……本性を現したジュラは強硬策へと舵を切り、調教（テイム）されたモンスターを呼び出す。それは、下層にいるはずのない──深層に生息するモンスター、ラムトンだった……

厄災来たる──それは、例外なく冒険者に死を運ぶ存在。それは、かつてリューの仲間【アストレア・ファミリア】を殺戮した怪物……それは、ダンジョンが秩序を保つために産み落とした破壊者（ジャガーノート。ボールス）が率いていた上級冒険者達が一瞬で生命を散らし、世界を恐怖・絶望・断末魔のみが支配するものに変じていく──ジュラの真の狙いは、この破壊者を呼び出すこと、そして、魔道具で支配することだった──