主人公の桃宮いちごは、恋に憧れる高校1年生。学校イチの人気者、青山くんにひと目惚れしたいちごは、謎の少女の計らいで彼と「レッドデータアニマル展」でデートすることに。 しかし当日、絶滅危惧種の「イリオモテヤマネコ」の遺伝子を組み込まれ、地球を守る正義のヒロイン「ミュウイチゴ」になってしまう…!! 突然現れた敵「キメラアニマ」に立ち向かおうとした時、「ミュウミント」がやってきて――。 地球も、恋も、夢も、ぜんぶあきらめない！ 合言葉は「地球の未来にご奉仕するにゃん♡」

白金稜と赤坂圭一郎から、エイリアンから地球を守るため「μ」プロジェクトに参加してほしいと言われたいちごは、アジトであるカフェミュウミュウでアルバイトを始めながら残りの仲間を藍沢みんととともに探すことに。 ある時、カフェで出会った優しい少女、碧川れたすと友達になりたいと思ういちご。 だがれたすには何か悩みがあるようで――。そんな時、噂で耳にした怪奇現象を、キメラアニマの仕業と踏んだいちごとみんと。駆け付けた学校のプールで目にしたのは…!?

この間のデートのリベンジ！ということで、青山くんと動物園にやってきたいちご。 最初はお互いに緊張していたけれど、やっといい雰囲気になれた、と思ったら…おサルさんのように大道芸をする元気いっぱいな女の子、黄歩鈴（フォン プリン）が登場！　 せっかくのデートを邪魔されてガッカリしていたいちごの目の前に、「キッシュ」と名乗るエイリアンが現れ、大ピンチ。ミュウイチゴたちの危機を救ったのは新しい仲間、ミュウプリンだった！

ついに５人目のミュウミュウが見つかった！ 彼女は今とっても大人気の芸能人、クールビューティな容姿と抜群のプロポーションを併せ持ったカリスマ・藤原ざくろ。みんとがずっと憧れていた人だった。 ざくろと接触するため、いちご、みんと、れたすの３人はざくろが主演するミュージカルのオーディションに参加することに。 しかし年齢制限で参加できずひとりお留守番のはずだった歩鈴が乱入し、オーディションはめちゃくちゃに！無事にざくろを仲間にすることはできるのか！？

ざくろの一言にすっかり落ち込んでしまったみんとの様子を見て、なんとか元気づけたいとみんとの大豪邸にやってきたいちごたち。 最初は追い返そうとしていたみんとだが、ハプニングが起きてずぶ濡れになったり枕投げをしたり４人で大騒ぎ！ 自身の夢を語るなどみんなとたくさん話をして元気を取り戻したみんとは、もう一度ざくろに会いに行こうと決意する。 ところがそこにキッシュが現れて――。